А как в паспорте у выпускника – Махамад или Махамадович? Написание в документах должно соответствовать написанию в паспорте.
Слова Казань, Москва, Новгород, Кострома относятся к разным склонениям. О склонении существительных читайте в пособии Е. И. Литневской.
Существительные мужского рода употребляются и с количественными, и с собирательными числительными. Поэтому оба варианта верны.
Пожалуйста, объясните смысл фразы - он не вполне ясен.