Не вполне ясно, какие именно высказывания с двумя названными сочетаниями следует рассмотреть. Сочетание в период предполагает, что начисление неустойки может быть произведено в любой из моментов времени названного периода. В выражении начисление неустойки за период речь идет о промежутке времени, который учитывается при начислении неустойки.
Слово априори употребляется в текстах научного стиля, в основном в сфере гуманитарного знания. Деловым текстам слово априори чуждо. Написание латиницей возможно, кавычки при этом не нужны.
В этом предложении существительное закрытие обозначает смыкание чего-либо, здесь корректен предлог при (сравним: Мы работали на закрытии конгресса — здесь закрытие обозначает завершающее мероприятие). Постановка или непостановка запятой зависит от того, к какому глаголу относится обстоятельственное сочетание при закрытии разлома в Сибири: если к глаголу убедился, то запятая нужна (необходимо закрыть придаточную часть, в которую не входит обсуждаемое сочетание), если к глаголу работает — не нужна (сочетание входит в придаточную часть).
Сложные существительные, включающие компонент пол-, имеют особенности в склонении, сочетаемости и родовой отнесенности. В форме именительного и винительного падежа они сочетаются с определением в форме множественного числа: пустые полчемодана. При отсутствии определения при подлежащем, выраженном существительным с компонентом пол-, глагольное сказуемое ставится в форму единственного числа и (в прошедшем времени) форму среднего рода: промокнет/промокло полчемодана. В формах косвенных падежей возможны формы с пол- и с полу-, при этом определение имеет форму того рода, которым характеризуется существительное, выступающее вторым компонентом в сложном слове: моего полчемодана и моего получемодана, моему полчемодану и моему получемодану и т. п. Подробнее см. в академической «Русской грамматике» 1980 года (Т. 1. § 1191–1193).
По правилам при переносе нельзя отрывать гласную букву от предшествующей согласной, если эта согласная буква — не последняя буква в приставке. При этом в правилах не уточняется, должна ли эта приставка предшествовать именно корню. В отсутствие явного запрета на подобный перенос на стыке двух приставок его, полагаем, можно считать возможным.
По правилам в сложноподчиненном предложении между главной и придаточной частью запятая не ставится, если придаточная часть усечена до одного союзного слова: Впрочем, знаю кто. Интересно почему. Не знаю откуда. В то же время Д. Э. Розенталь отмечает, что при усиленном логическом выделении местоимения запятая перед ним возможна, а вопросительная интонация может оправдывать и постановку тире: Как думаешь — что?
В сочетании одна тысяча рублей нет ошибки.
Подлежащее, присоединяемое сочетанием а затем и, связано со сказуемым, что проявляется, например, в форме числа этого сказуемого. Так, в одном из приведенных Вами примеров сказуемое одобрили явно относится не просто к первому подлежащему кабинет министров, а к соединению двух подлежащих — кабинет министров, а затем и парламент; запятая после подлежащего парламент нарушает синтаксическую связь между ним и сказуемым.
В параграфе 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя есть правило: «После однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Всеобщая грамотность населения, а также широкая пропаганда научных знаний должны способствовать неуклонному росту культуры в нашей стране; Бывает трудно, а то и невозможно сразу разобраться в подобной ситуации». Союзное соединение а затем и выражает те же отношения факультативного присоединения, что и а также и а то и, поэтому правило можно применить и здесь.
Наречие может быть подлежащим при субстантивации. Наречие в таком случае обозначает не признак действия, а понятие, явление, событие: Наше завтра зависит от нас.
Словообразовательные постфиксы включаются в основу. Постфикс при морфемном разборе можно обозначить знаком ⌐.