Приведенные Вами примеры вполне вписываются в общее правило, поэтому корректно: ошибка-404, код состояния — 301, Глизе-3512, Лаланд-21185, Росс-128b, Thriller-2, The Dark Side of the Moon — 2.

Неясно, о каком глаголе идет речь: высказать или выказать.

Правило на этот счет нам неизвестно. Однако полагаем, что в титре важнее всего понятность, поэтому предлагаем такой вариант: г. Троицк (ныне в составе Троицкого административного округа Москвы).

Знаки препинания расставлены корректно.

Судя по уточнениям в скобках, Вас интересует не перевод («слепая коробка»), а передача данного словосочетания в русском тексте без перевода. Общее правило передачи заключается в том, чтобы как можно точнее было передано произношение иноязычного выражения (если речь идет о транслитерации). Применять транслитерацию или писать слово на языке оригинала — это определяется практикой употребления. Если выражение становится достаточно употребительным, то обычно оно начинает регулярно писаться кириллицей. В данном случае этого пока не происходит. Поэтому на данном этапе выбор графической системы Вы можете сделать сами.

Если же Вы решите употребить именно перевод «слепая коробка», то кавычки будут уместны (поскольку данное выражение не является общеупотребительным).

В этом предложении прилагательное грубый играет роль определения и не входит в основу. Основа предложения сохраняет ключевую идею сообщения: решение представляет собой нарушение, а тип нарушения (которое может быть незначительным, вопиющим, возмутительным, легким, систематическим и т. д.) обозначен прилагательным в роли определения.

Запятая не требуется, верно: нашёл его глубоким стариком, несмотря на то что в тот момент учёному было всего 37 лет.

Слово епископ пишется со строчной буквы: В 1314 году Прохор, епископ Ростовский и Ярославский, возвращаясь из Кирилло-Белозерского монастыря в Ярославль, остановился на ночлег на берегу Волги.

Слово аналогично не является вводным. Вместе с тем в приведенном примере оно, судя по всему, предваряет описание случая, аналогичного описанному ранее, то есть связывает данное предложение с предыдущим контекстом. Если это так, то уместно поставить двоеточие: Аналогично: если мышьяк в небольших дозах добавляют в некоторые лекарства, то в больших дозах он яд. Обратим внимание, что между подлежащим — личным местоимением он и сказуемым-существительным яд тире не ставится.

Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).