Форма мн. ч. сказуемого в этих примерах наиболее уместна.
Ректор и академик – неоднородные приложения, запятой они не разделяются.
1. Правильно: и. о. ректора. 2. Правильно: в г. Москве. 3. См. в «Письмовнике».
Предпочтительно: Постепенно, с распространением живописного декора стен она пришла в упадок.
Часть официального названия, начинающуюся со слова Оренбургский, необходимо заключить в кавычки. Склонять ее не нужно. Ср.: учиться в ГБОУ ВПО «Российский государственный гуманитарный университет».