Да, запятая нужна: это сложноподчиненное предложение с главной частью Вы точно знаете и придаточной частью за что платите.

Очевидно, это интонационное тире, которое «ставится для указания места распадения простого предложения на словесные группы, чтобы подчеркнуть или уточнить смысловые отношения между членами предложения, когда другими знаками препинания или порядком слов нужный смысл не может быть выражен» (Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 7).

Перед союзом и запятая не нужна, так как он связывает однородные придаточные части (см. пункт 2 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Второй вариант, возможно, и нагружает текст визуально, зато однозначно показывает, что части предложения связаны друг с другом. Другие варианты показывают это не столь однозначно. 

Вы написали верно: В первой половине 1980-х годов экономический эффект от более чем 1000 [тысячи] научных проектов составил 97 миллионов рублей. Мы не уверены, что экономический эффект исчисляется в суммах, но это уже вопрос не к лингвистам, а к экономистам. 

Слово сказать, очевидно, использовано здесь в функции вводного, что не свойственно современному русскому языку. Это слово используется лишь в составе вводных сочетаний: сказать по правде, честно сказать и т. д.

Поскольку в данном случае мастер — это наименование категории, то у слова мастер-тренер склоняется только вторая часть: 

Именительный падеж: мастер-тренер.

Родительный падеж: мастер-тренера.

Дательный падеж: мастер-тренеру.

Винительный падеж: мастер-тренера.

Творительный падеж: мастер-тренером.

Предложный падеж: о мастер-тренере.

Это регламентировано орфографическими правилами: "Названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы, напр.: президент, канцлер, председатель, министр, премьер-министр, заместитель министра, мэр, император, королева, хан, шейх, генеральный секретарь, заслуженный деятель культуры, лауреат Нобелевской премии, посол, атташе, директор, генеральный директор, академик, доктор наук, профессор, член-корреспондент, генерал-майор, командующий войсками, руководитель департамента, заведующий отделом, управляющий делами.

В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы, напр.: Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ, Председатель Государственной думы, Премьер-министр Индии, Её Величество Королева Англии (см. также § 202). Однако в неофициальных текстах эти названия пишутся со строчной буквы, напр.: выборы президента, выступление председателя Госдумы, распоряжение премьер-министра, приём у королевы" (§ 196).

В многотомном "Словаре русских народных говоров" слово зафиксовано только в таких значениях:

Ба́тырь, я, м.

1. Богатырь, силач. Нерч. Забайк., Архив АН.

2. Храбрый, ловкий человек и хороший наездник. «У русских, соседствующих с азиатами. Батырь придается к имени или прозванию, и русские этому следуют: Денис-батырь, Мальханов-бáтырь». Даль.

3. Старший (староста или подрядчик) в артели крючников (в дореволюционной России). «По Волге», Даль. Олон., Петерб.

4. Зажиточный крестьянин или кулак. Сев.-Двин., 1928. У батыря работал. Смол., 1958. 

Это предложение не содержит подчинительных союзов, оно бессоюзное сложное (связующее слово так в § 3162 «Русской грамматики» 1980 г., в разделе о бессоюзных соединениях предложений, названо союзной частицей). Условные отношения в бессоюзном сложном предложении выражаются с помощью тире (хотя и запятая не будет ошибкой).