Думаем, что Вам требуется юридический, а не лингвистический комментарий.

С точки зрения лингвистической глагол уничтожить может использоваться и без указания на действующее лицо: коррозия уничтожила маркировку кузова. Так что процитированный Вами отрывок регламента нельзя понять однозначно.

Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Запятая не нужна, т. к. у частей сложносочиненного предложения нас никто не обгонял и навстречу автомобилей не было есть общий элемент – поясняемое ими третье предложение шоссе было пустынно, предшествующее им и связанное с ними бессоюзной связью.

В приведенном Вами предложении правильно раздельное написание: Прошу предоставить отгул за ранее отработанное время. Это легко проверить: слово ранее можно оторвать от за и переставить в другое место предложения: Прошу предоставить отгул за отработанное ранее время.

Правильно: в связи со структурными изменениями.

Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласная] или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами.

Андрей, мы говорим о современной литературной норме. Во времена Брюллова (первая половина XIX века) норма была другой. Если бы художник работал над картиной в наши дни, он, по всей вероятности, назвал бы ее «Последний день Помпеев». 

Сочетание в основном не требует постановки знаков препинания. Однако если в основном начинают собой присоединительный оборот, то они выделяются вместе с относящимися к ним словами, т. е. ставится запятая перед ними.

Спасибо за замечание. Ответы исправлены.

Слова в частности обычно выделяются запятыми как вводные,  а в составе присоединительного оборота обособляются вместе с относящимися к ним словами. Однако не ставятся запятые в конструкции ...вообще и ...в частности.

 В приведенном Вами предложении запятая нужна.

Да, имеется в виду: перед гласными звуками. Буквы е, ё, ю, я обозначают два звука: согласный j и гласные э, о, у, а. Слова его, яблоке начинаются с согласного звука, поэтому перед ними употребляется предлог о.