Да, окончание -е – типичное окончание предложного падежа для существительных второго (по школьной грамматике) склонения. Однако у некоторых слов (их не больше 100) в предложном падеже встречается окончание -у (как правило, в обстоятельственном значении места, реже состояния или времени действия): в лесу, на мосту, на берегу, в носу и др. Это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. В изъяснительном значении предложного падежа у таких слов употребляется окончание -е, ср.: говорить об аэропорте (изъяснительное значение) – находиться в аэропорту (местное значение), вспоминать о доме – работать на дому.

Правила, требующего не использовать кавычки при написании названий латиницей, не существует. Обычно названия, набранные латиницей, кавычками не выделяются, так как латиница — уже само по себе достаточно сильное средство выделения в кириллическом тексте. Однако исключение могут составить те случаи, когда без кавычек границы названия неясны и когда нужно оформление названий сделать единообразным. Именно последнее и можно наблюдать в приведенном нами примере: Я прочитал роман Чернышевского "Что делать?".; Я прочитал книгу Пелевина «Transhumanism Inc.». 

Нам представляется, что если бы каждый из них ремонтировал по 3 машины в день, то и было бы написано «по 3 машины каждый». Правда на стороне второй группы.

Фраза некорректна.

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

На наш взгляд, если речь идет о произведениях искусства, лучше обойтись без слова внутренний: ...это обусловлено только силой и красотой его произведений. Если это невозможно, то выбор формы прилагательного за Вами.

Если в клуб входят только предприниматели Челябинска, верен первый вариант. Если в клуб могут входить предприниматели из других городов, то, на наш взгляд, лучше поменять формулировку, например: челябинский клуб предпринимателей "Деловар".

Первый вариант передает смысл вернее всего и не противоречит правилам пунктуации.