Да, в языке есть много устойчивых слов, выражений, названий, неправильных с точки зрения науки, политики, дипломатии... Традиция в языке часто оказывается сильнее терминологической точности. То же касается и названий государств: в обиходной устной и письменной речи мы по-прежнему употребляем названия Южная Корея (хотя в официальных документах будет только Республика Корея), Белоруссия (хотя официальное название Республика Беларусь), Молдавия (хотя официально: Республика Молдова) и т. д.

Этот словарь составляла Т. Ф. Ефремова. Подобные значения зафиксированы и в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. В нём приводятся такие примеры: Зыбь на озере. Зыбь осеннего поля. Рожь подёрнулась зыбью. Смиренный парус рыбарей... Скользит отважно средь зыбей (А. С. Пушкин).

Как видите, точка зрения авторов словарей подкреплена примерами в том числе из русской классической литературы, поэтому к мнению авторов следует прислушаться.

Словосочетание социально незащищенный пишется раздельно, потому что незащищенный не является причастием и здесь «не работает» правило о раздельном написании не с причастиями, при которых есть зависимые слова. Незащищенный – прилагательное, возникшее на базе соответствующего причастия (оно уже не имеет значения признака по действию). Социально незащищенный – сочетание прилагательного с наречием (от главного слова к зависимому можно задать вопрос: незащищенный - с какой точки зрения? - социально).

С точки зрения русского языка глагол течь многозначен, поэтому нет ничего странного в таких его значениях, как "перемещать, нести свои воды (о реке, ручье и т. п.)" и "перемещаться по специально оборудованным коммуникациям (о жидкостях, паре, газе и т. д.). Слышно, как вода течёт по трубам. Газ течёт по трубопроводу. Электричество течёт по проводам". Кстати, существительное ток также образвано от глагола течь. 

Предложение с союзом как и (дверь открывается магнитным ключом, как и подъездная дверь) корректно с точки зрения грамматики, но не дает представляения о том, одним магнитным ключом открываются двери или разными магнитными ключами. Если одним, то предпочтительно использовать соотносительное слово и союз что и: дверь открывается тем же магнитным ключом, что и подъездная дверь. Обратите внимание, что слово впихивать в таком контексте не нуждается в кавычках.

Оба варианта корректны, но в первом случае имя Лидия Михайловна представляет собой приложение поясняющего характера при подлежащем учительница; с коммуникативной точки зрения имя здесь попутное замечание, произносимое со специфической интонацией и в несколько убыстренном темпе. Во втором случае имя Лидия Михайловна играет роль подлежащего, существительное учительница — роль приложения; такой вариант уместен, если автор не ставит перед собой задачу понизить значимость имени в контексте.

Вообще-то, верным было бы такое наименование: ТУ им. А. А. Леонова — филиал МИИГАиК; решением ученого совета ТУ им. А. А. Леонова — филиала МИИГАиК.

Полагаем, что и в уродливом с грамматической точки зрения официальном сокращении ТУ им. А. А. Леонова (филиал) МИИГАиК уточнение в скобках следует склонять: решением ученого совета ТУ им. А. А. Леонова (филиала) МИИГАиК; поручено ТУ им. А. А. Леонова (филиалу) МИИГАиК.

Согласно толковым словарям, арендой называется "временное пользование недвижимым имуществом на договорных началах за соответствующую плату". Земли и территории относятся к недвижимому имуществу, поэтому слово "аренда" здесь употреблено, на наш взгляд, корректно. С другой стороны, "предоставление" может быть возмездным.

Вы правы: второе предложение противоречит первому, текст (инструкция) выглядит не вполне продуманным. Предложения лучше переформулировать.