Сочетание вместе с тем не вводное, запятая после него не ставится:  Вместе с тем если должник знал, что владелец ценной бумаги не является надлежащим обладателем права на ценную бумагу, он обязан возместить убытки, причинённые правообладателю.

Да, разделительный ъ пишется после приставок (русских и иноязычных), оканчивающихся на согласный, перед буквами я, ю, ё, е. Разделительный твердый знак показывает, что следующая за ним буква передает два звука, первый из которых — [j].

Однако в данном случае — это союз в значении "но". И здесь не запятая отделяет слово однако, а парные запятые выделяют обособленное обстоятельство после столь долгой разлуки.

См. справочник /biblioteka/spravochniki/pravila-russkoy-orfografii-i-punktuatsii/znaki-prepinaniya-pri-obosoblennykh-obstoyatelstvakh

Для постановки запятых после слов а и комнате нет оснований. Правильно: Над картиной художник работал не в мастерской, а в специально обставленной комнате и сам кроил чёрное одеяние для Ивана и серебристо-розовую рубаху для царевича.

По правилам однородные члены после обобщающего слова разделяются точкой с запятой, если они сильно распространены и если внутри них имеются запятые. В данном случае целесообразность использования точки с запятой между однородными членами вызывает большие сомнения.

Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется, например: Слышали ли вы вопрос «А предложение „Поэтому — две тысячи рублей“ — это эллиптическое предложение?»

Запятая после что нужна. Число можно оставить в цифровой форме (если нужно обратить на него внимание читателя), но можно и написать слово ноль (всё-таки цифры придают тексту деловой вид). Можно также написать не потратив ни рубля.

Правило таково: обособляются (отделяются запятой, а в середине предложения выделяются с двух сторон запятыми) распространенные определения, выраженные причастием или прилагательным с зависящими от него словами (так называемые определительные обороты), стоящие после определяемого существительного или субстантивированного слова.

Инициалы пишутся после фамилии при составлении библиографий, алфавитных списков (т. к. поиск в этих случаях ведется по буквам фамилии). В остальных случаях инициалы обычно пишутся до фамилии. Корректно: были медсестры И. И. Иванова, П. П. Петрова...

Такое написание сложилось исторически. В древнерусском языке буквы ж и ш обозначали не твердые непарные звуки, а мягкие. Закономерно после них писали и. Звуки отвердели, а написание не изменилось. Правила только фиксируют сложившиеся в языке нормы.