Как представляется, никаких сомнений и возражений не вызовет фраза сохранить файл в памяти телефона. Предложенные варианты используются в обиходной разговорной речи и иллюстрируют свойственную для нее лексическую неполноту, а следовательно, едва ли есть серьезные основания обсуждать их корректность с точки зрения норм литературной речи.

Не должны. Употребление слова кофе как существительного среднего рода допустимо в непринужденной разговорной речи, причем на допустимость такого употребления словари указывают уже не одно десятилетие. Впрочем, согласование по мужскому роду от этого не перестает быть предпочтительным: вне обиходно-разговорной речи, в строго литературном употреблении кофе – слово мужского рода.

Такие выражения называют тавтологичными. Обычно при оценке их корретности учитывают стилистические особенности речи. В художественной речи они могут использоваться намеренно, с определенными авторскими целями. В обиходном общении подобные выражения редко воспринимаются критически. Напротив, они едва ли уместны в научных и публицистических текстах, не предполагающих лексического однообразия.

О падеже:  нужен творительный падеж (музеем). Слова заведующий, управляющий, командующий и т. п., по своему происхождению являющиеся причастиями, управляют творительным падежом.

Что касается рода, то мужской род уместен в строгой деловой речи (в приказе: назначить заведующим музеем Иванову...). В обиходной письменной и тем более устной речи верно: заведующая музеем.

Наречие днями уместно в непринужденной разговорной речи. В письменной речи его лучше не использовать.

Что касается Вашего запроса: в нем не хватает запятой перед пожалуйста; тире перед словом днями  и запятая после него не требуются; в конце первого вопроса недостает вопросительного знака; после слова вопрос следует поставить двоеточие.

Разница между словами стилистическая. Слово учение – более книжный вариант, сейчас его редко используют в непринужденной речи. А учеба – стилистически нейтральный, поэтому его используют и в непринужденной речи, и, например, в грамотах.

Таким образом, в грамоте могли бы написать за успехи в учебе, и это также было бы верно.

Возможно, Ваш коллега использует обращение господа в ироническом ключе.

Действительно, это обращение не всегда уместно даже в деловой речи, только в особенно официальных случаях. А в примерах, которые Вы привели, не полностью соблюдается и стилистика деловой речи: обращение господа контрастирует с разговорными оборотами (например: ...какие-то непонятные задачи просроченные стоят).

Если авторские слова стоят внутри прямой речи, кавычки ставятся только в начале и в конце прямой речи. Не ставятся кавычки между прямой речью и авторскими словами. Правильно: «Жаль мне тебя, – сказала незажженная свеча своей зажженной подруге. – Короток твой век. Ты все время горишь, и скоро тебя не станет».