Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Пунктуация зависит от того, какое слово, друг или алкоголь, является главным, а какое — приложением.

Если главное слово алкоголь, запятые не требуются: Мой друг алкоголь точно знает, чем дышит Есенин. Если главное слово друг, а слово алкоголь имеет уточняющий характер, то запятые нужны: Мой друг, алкоголь, точно знает, чем дышит Есенин.

Как правило, в таких случаях решение о пунктуации принимает автор текста. Запятая перед чем нужна в любом случае.

Прямая речь достаточно автономна по отношению к словам автора, чтобы не применять к этому случаю правило об общей части бессоюзного сложного предложения. Запятая перед и внутри прямой речи нужна.

Глагол обязывать может использоваться с инфинитивом (Это обязывает меня участвовать в состязании) или с существительным с предлогом к (Это обязывает к участию в состязании). Если ни один из этих вариантов не подходит по смыслу, то нужно использовать другой глагол.

Предпочтительно: не выдавал разрешения.

Вы имеете в виду, что название написано не кириллицей? В этом случае кавычки не нужны.