О знаках препинания при оборотах с союзом в том числе см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в Вашем предложении союз неуместен, так как не указано обобщающее понятие для частных понятий, упоминаемых после в том числе. Сравним: Государственная регистрация нормативного правового акта Минюстом России включает в себя различные виды экспертизы нормативного правового акта, в том числе правовую и антикоррупционную.

См. также ответ на вопрос 308092.

Если Вы спрашиваете о композиторе И. Праче, то это непростой вопрос. К сожалению, в доступных нам лингвистических словарях фамилия Прач не представлена. Однако есть насколько аргументов в пользу сохранения ударения на основе (Пра́ча, Пра́чем). В электронном каталоге Российской государственной библиотеки, электронной версии Большой российской энциклопедии и некоторых других ресурсах встречается только форма Прачем и не встречается Прачом. Мы обратились за консультацией к дирижеру оркестра, занимающемуся преподаванием, и филологу-музыканту: оба выбрали вариант склонения с ударением на основе. Такой вариант позволяет легче распознавать фамилию, определить ее начальную форму. И еще заметим, что в заимствованных существительных, заканчивающиеся на -ач, ударение, как правило, не переходит на окончание (например, атта́ч — атта́чем).

См. ответ на вопрос № 176838.

"Большой толковый словарь русского языка" считает слово "копировать" глаголом несовершенного вида (что делать?). При этом совершенный вид (что сделать?) - "скопировать". В Вашем примере подходят оба глагола, но если нужно особо отметить завершенность действия, лучше использовать глагол совершенного вида.

Ампутировать - двувидовой глагол (что делать и что сделать).

Первую часть сложного слова (код) склонять не нужно. Корректно: код-шеринга, код-шерингу. Ср.: Веб, Веба, но веб-мастеринг, веб-мастеринга.

Правильно склонение обеих частей именования: Хаббаба ибн Арата, Хаббабу ибн Арату.  

Первые части сложных слов фито... и арома... пишутся слитно, поэтому орфографически верно фитоаромасауна.

Из Вашего очень длинного и эмоционального письма, кажется, можно сделать такой вывод: Вы считаете, что лингвисты, вместо того чтобы установить простые и понятные правила, намеренно усложняют их, подстраивая под капризы классиков, из-за чего в нашем языке плодятся десятки и сотни исключений, правильно? Попробуем прокомментировать эту точку зрения.

Во-первых, русский язык действительно живой – а как без этого тезиса? Если бы мы создавали язык как искусственную конструкцию, у нас были бы единые правила произношения и написания, мы бы аккуратно распределили слова по грамматическим категориям без всяких исключений и отклонений... Но русский язык не искусственная модель, и многие странные на первый взгляд правила, многие исключения обусловлены его многовековой историей. Почему, например, мы пишем жи и ши с буквой и? Потому что когда-то звуки ж и ш были мягкими. Они давно отвердели, а написание осталось. Написание, которое можно объяснить только традицией. И такие традиционные написания характерны не только для русского, но и для других мировых языков. Недаром про тот же английский язык (который «не подстраивают под каждый пук Фицджеральда или Брэдбери») есть шутка: «пишется Манчестер, а читается Ливерпуль».

Во-вторых, нормы русского письма (особенно нормы пунктуации) как раз и складывались под пером писателей-классиков, ведь первый (и единственный) общеобязательный свод правил русского правописания появился у нас только в 1956 году. Поэтому справочники по правописанию, конечно, основываются на примерах из русской классической литературы и литературы XX века. Но с Вашим тезисом «все справочники по языку – это не своды правил, а своды наблюдений» сложно согласиться. Русская лингвистическая традиция как раз в большей степени прескриптивна, чем дескриптивна (т. е. предписывает, а не просто описывает): она обращается к понятиям «правильно» и «неправильно» гораздо чаще, чем, например, западная лингвистика.

В-третьих, лингвисты не занимаются усложнением правил – как раз наоборот. Кодификаторская работа языковедов на протяжении всего XX века была направлена на унификацию, устранение вариантов, именно благодаря ей мы сейчас имеем гораздо меньше вариантов, чем было 100 лет назад. Именно лингвисты, как правило, являются наиболее активными сторонниками внесения изменений в правила правописания  и устранения неоправданных исключений – не ради упрощения правил, а ради того, чтобы наше правописание стало еще более системным и логичным. А вот общество, как правило, активно препятствует любым попыткам изменить нормы и правила.

Правильно: Согласен с избранием руководителем проекта Смирновой.