Главное слово в составном существительном обычно идет первым и обозначает родовое понятие, именно с ним согласуется прилагательное: изысканное ателье-бутик (ср. известная школа-интернат и т. п.)

Пока такой знак в реестр знаков пунктуации не внесен, его значение не определено, нормы употребления не описаны. 

Раздельное написание связано с тем, что здесь отрицается понятие, а не создается новое. Отрицание относится к обоим словам (слава богу, что она не является закомплексованной обиженкой).

Деепричастный оборот следует заменить придаточным предложением: ...но у организации отсутствует возможность реализации своего права ответить (возразить) на предостережение, так как суть предостережения не понятна (не ясна).

Корректно раздельное написание. Частица не выражает отрицание, не создавая нового слова, тогда как с помощью приставки не- создается слово. Но здесь отрицается понятие, а не создается новое.

Слово появляется тогда, когда возникает (или актуализируется) соответствующее понятие, которое требуется выразить средствами языка. На Ваш вопрос можно ответить так: слово возникнет, если в этом будет необходимость.

Словообразовательная логика (соотнесение с глаголами запирать - запереть) вполне понятна. Другой вопрос - актуальное (синхроническое) морфемное членение (и здесь мы можем сослаться на Морфемно-орфографический словарь А. Н. Тихонова). 

Нет, т. к. за словом комиссар закреплены определенные значения: 1) в СССР – должностное руководящее лицо с общественно-политическими или административными обязанностями; 2) в некоторых европейских странах и в России XVIII–XIX вв. – чиновник, выполняющий полицейские функции; 3) во время Французской революции – уполномоченный Конвента, направляемый с отдельными поручениями в разные департаменты, войска.

Правильно раздельное написание, т. к. здесь отрицается понятие, а не создается новое (отрицается суждение, что получение подобной квартиры – это призрачная мечта). При отрицании последующего признака не пишется раздельно.