Да, слова статья, приложение и т. д., обозначающие части документа, пишутся со строчной буквы.

Корректно: договор заключен с филиалом «Автобусный парк № 5» государственного предприятия «Гомельтранс».

Одним причастием здесь не удастся обойтись. Нужно перестраивать сочетание, например: в тех случаях и в те сроки, которые установлены законодательством.

Названия пород животных рекомендуется писать со строчной буквы и без кавычек, однако в правилах орфографии не представлены образные названия. Полагаем, что написание в кавычках (но со строчной буквы) возможно в тех случаях, когда адресат текста незнаком с таким названием, однако для осведомленного читателя можно писать без кавычек, ср.: анютины глазки (цветы).

При склонении этого составного термина изменяются обе его части; ср. ось вала-шестерни. Род термина определяется по слову, базовому с точки зрения смысловых особенностей высказывания; ср.: быстроходный вал-шестерня, установлен вал-шестерня, на рисунке представлена вал-шестерня. Допускаем, что в профессиональной среде сложилась и речевая традиция считать базовым только одно из двух слов в сложном наименовании.

Род пришельцев нужно писать со строчной буквы аналогично названиям народностей (ср.: эвенки, коми, буряты), так же нужно писать и глагол. Непривычное значение не является основанием для написания слова с заглавной буквы. При этом существительное от глагола ваять может записываться со строчной, но возможно написание и с заглавной, если ему приписывается особо высокий смысл. 

Пунктуация корректна.

Приставка анти- пишется с последующей частью слова слитно. Однако при соединении приставки со словом, пишущимся с прописной буквы, необходимо ставить дефис, ср.: анти-Маяковский, архи-Плюшкин, не-Россия (...не-России трудно понять Россию. — Из газ.). Сочетание со словом проект представляет собой условный описательный оборот, а не официальное название проекта как продуманного плана действий, поэтому корректно написание проект «анти-Россия».

Корректно по отношению к исторической эпохе: поздняя Античность.

Слово Античность как название исторической эпохи следует писать с прописной буквы (см. словарную фиксацию). Прилагательное поздний в сочетании поздняя Античность пишется со строчной буквы по аналогии с сочетанием раннее Средневековье (см.:  Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011).

Суффикс -ова- для этого формообразовательного класса глагола является формообразующим суффиксом основы прошедшего времени и инфинитива, ср.: образова-л-а, образова-ть (ср. с основой настоящего / будущего простого времени образу[j-ут], включающей формообразующий суффикс -у[j]).

Подробнее о модификациях глагольной основы см. справочник Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников», размещенный на нашем портале.