Запятая ставится только на обороте титульного листа при указании выходных сведений издания.

Сочетание по 2 рубля каждая играет роль определения при дополнении 5 линеек. Хотя местоименный распространитель каждая согласуется в роде с существительным линейка, это определение в целом близко к несогласованным (сравним вариант без распространителя: 5 линеек по 2 рубля). Следовательно, к нему применимы правила пунктуации при несогласованных определениях. В параграфе 53  полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина говорится, что если определяемое имя не имеет других (согласованных) определений, то обособление несогласованных определений факультативно. «В таком случае обособлению способствует необходимость указания на вполне конкретные, частные признаки предмета или признаки временно́го характера, приписываемые предмету в данный момент: Крошки, размером с конопляное зерно, должны быть тщательно подобраны (Вороб.); Доктор, со шпагою в руке, выбежал в спальню (Тын.). Ср., однако: Продавец в чистом белом халате и синей шапочке обслуживал… клиента (Булг.)». Исходя из такой формулировки, можно утверждать, что приведенное предложение корректно как с запятой, так и без.

Лучше перестроить: В таких случаях рекомендуется назначение препарата XY. Этот препарат обычно назначается пациентам из группы повышенного риска.

Корректно: сотри со свитка (ср.: сотри с листа, с бумаги, со стола и т. д. - о любой поверхности).

Это известная загадка, обычно в качестве третьего слова приводят слово зализа ('облысевший участок головы надо лбом у виска; залысина')

Необходимо обособить поясняющий оборот: Наиболее распространенная операция в современной офтальмологической практике — факоэмульсификация катаракты — также является фактором риска для развития регматогенной отслойки сетчатки.

А где это пишется? Это заголовок листа? Если так, то можно оформить следующим образом: Лист 1. Схема.  Или: схема на первом листе и т. п.

Если лист учета – это тип документа (например, как акт или накладная), то его название пишется без кавычек и склоняется: Бланк листа учета приведен в Приложении.

Корректны все варианты, предпочтительно: с листа прелого. Подробнее о значении и стилистической окраске указанных прилагательных см. в толково-словообразовательном словаре (окно «Искать на Грамоте»).