Когда сноска относится к словосочетанию, а не ко всему предложению, логично будет поставить знак сноски непосредственно после словосочетания, к которому она относится, то есть перед многоточием: Увидел человеческую голову с длинной косой¹… 

Если сочетание в рамках исполнения контракта на выполнение строительно-монтажных работ является обстоятельством к сказуемому произвели, а не определением к сочетанию гарантийных писем (что теоретически возможно), то поставить указанные запятые нужно для удобства восприятия предложения.

Точку следует ставить внутри скобок, так как в них заключено  самостоятельное завершённое предложение. 

В этом сочетании действительно нужно тире — по правилам координации, поскольку одна из частей приложения содержит дефис (см. пункт 2 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Приведенное предложение является сложноподчиненным с придаточным условия. По общему правилу между частями сложноподчиненного предложения ставится запятая, но если придаточное условия предшествует главной части (как в данном случае), вместо запятой можно поставить тире (см. пункт 2 параграфа 38.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Запятую следует поставить перед союзом зато на границе частей сложносочиненного предложения.

Здесь действительно нужно поставить закрывающую запятую, только не после причастного оборота, а после определительного придаточного с союзным словом который. Для оптимизации пунктуационного оформления высказывания рекомендуем заключить вставную конструкцию в скобки, а не в двойные тире: ...монастырь, на настоятеля которого он возлагал столько надежд (и небезосновательно, отнюдь не безосновательно!), разграблен и сожжён викингами, настоятель убит.

Пробел до и после дефиса не ставится, если только дефис не заменяет тире в случае, когда поставить тире технически невозможно (но здесь не тот случай).

Запятую надо поставить.

Вы верно расставили знаки препинания в предложении.