Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Да, знаки препинания расставлены правильно.

Да, знаки препинания расставлены правильно.
 

Между кто и если тоже надо поставить запятую.

Знаки препинания расставлены корректно.

В таких случаях требует оформление по правилам прямой речи. Например: 

Он сказал: «Поехали!»
Он взмахнул рукой.

Если в заголовок архивного дела нельзя вносить редакторскую правку, то Ваш вариант пунктуационного оформления заголовка представляется оптимальным.

Ваш вариант представляется уместным решением в этой необычной текстовой ситуации.

Такие конструкции называются сегментированными. Название песни в приведенном предложении ближе всего к форме называния (см. параграф 2676 «Русской грамматики» 1980 г.). Правда, такие формы обычно предшествуют основному высказыванию, сравним: «Святые идут маршем» — слышал такую песню? Однако, как показывает практика, в том числе Ваш пример, формы называния могут следовать за основным высказыванием, и в этом случае они находятся с ним в пояснительных отношениях. Местоимение такой обязательно требует пояснения, и здесь применимо правило о постановке тире при пояснительных конструкциях: Слышал такую песню — «Святые идут маршем»?

В приведенном Вами примере знаки препинания расставлены верно (за исключением того, что восклицательный знак следует поставить после кавычек), однако кавычки здесь нужны лишь потому, что в них заключено название упоминаемого проекта.