Предпочтителен глагол мучиться (они мучатся). Глагол мучаться (они мучаются) носит разговорный отттенок. 

В этом предложении парные тире выделяют вставную конструкцию. 

Сочетание город-спутник (город, расположенный вблизи более крупного города и составляющий с ним единую экономическую и демографическую систему) является терминологическим и пишется через дефис, в том числе в случаях, когда при нем есть зависимые слова: город-спутник Владивостока; Население Владивостока вместе с его городами-спутниками составляет...

Отношения между двумя обстоятельствами места действительно уточняющие, запятая нужна.

Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.

Запятая нужна: Освященный 22 апреля 1865 года, московский храм уже полтора века является неотъемлемой частью исторического облика города.

Причастный оборот имеет здесь не только определительное, но и обстоятельственное значение.

Жители Сортавалы неправы. Название города – существительное первого (по школьной грамматике) склонения: Сортавала, Сортавалы, Сортавале и т. д. (См., например, словарь-справочник Е. А. Левашова «Географические названия», словарь Ф. Л. Агеенко «Собственные имена в русском языке», «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка и др. издания).

Вы привели два графических варианта одного и того же имени собственного (наименования города). Различие вариантов заключается в гласных буквах е и ё, взаимозаменяемость которых предопределена факультативным употреблением буквы ё (о чем сообщается в «Правилах русской орфографии и пунктуации», изданных еще в 1956 году).

В русском литературном языке существуют соотносительные пары предлогов в — из и на — с: в городе — из города, на улице — с улицы. С существительным министерство сочетается предлог в (верно в министерстве, а не «на министерстве») — соответственно, верно из министерства.

Под буллитом здесь понимается наборный знак в форме жирной точки, который используется для выделения наиболее важных мест в печатном или рукописном тексте, для оформления пунктов или подпунктов (англ. bullet). Однако такое употребление слова буллит нельзя признать корректным, поскольку в русском языке у существительного буллит одно значение –  в хоккее с шайбой: штрафной бросок в ворота соперника.