Сочетание корректно, оно встречается в литературе.
Слово конфигурация не обозначает процесс, поэтому сочетание некорректно. В определенном контексте в значении 'настройка' можно использовать слово конфигурирование.
Запятая нужна.
Прилагательное зависимый может употребляться без дополнения, а причастие зависящий требует дополнения (зависящий от кого).
Верно: Поэтому, как говорил Иоанн, "испытывайте духов, от Бога ли они...".
См. в "Письмовнике".
Есть словари, в которых к примеру дано без каких-либо стилистических помет, но в некоторых изданиях (например, в «Русском семантическом словаре») указано, что эти слова имеют разговорную окраску (в отличие от стилистически нейтрального например).
Разницы в употреблении нет, ни одно из этих слов не отмечено в словарях как устаревающее.