Правильно: попугай Кеша (ср.: кот Васька, собака Каштанка). Слово попугай не является частью имени. 

Да, слова кандидат наук, доктор наук, доцент, профессор пишутся строчными.

Местоимение Вы пишется с большой буквы как форма выражения вежливости при обращении к одному лицу только в текстах определенных жанров. Это личные письма и официальные документы (заявления, служебные записки и т. д.). В художественной литературе вы пишется с маленькой буквы.

Запятая не нужна: это цельное по смыслу выражение.

Сначала об орфографии. В современном русском языке правильным является написание через О: Кощей, Кощей Бессмертный и (о тощем старике, скряге) кощей. Но раньше правильным было написание Кащей. Сейчас этот вариант в словарях дается как устаревший.

Теперь о происхождении этого слова. Слово Кощей имеет два варианта этимологии: 1) от слова кость ('худой, тощий человек, ходячий скелет'); 2) от костить в значении 'бранить'. Поэтому согласно этимологии надо писать через О.

Полагаем, что такое сочетание возможно.

Слово бой в значениях ‘сражение’, ‘напряженная борьба’, ‘поединок боксеров’ в предложном падеже с местным значением имеет форму в бою. При объектном значении падежа рекомендуется форма в бое: нуждаться в бое (см. Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 1999. С. 37). В значении ‘однородные звуки’ (бой часов и т. п.) слово бой образует форму предложного падежа в бое.

По общему правилу верен второй вариант: Легасову было посмертно присвоено звание Героя Российской Федерации за мужество, стойкость и героизм, проявленные во время ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. Если имеется в виду цитата мотивировочной части постановления о присвоении звания, то она берется в кавычки по правилу оформления цитат и начинается со строчной буквы: Легасову было посмертно присвоено звание Героя Российской Федерации «за мужество, стойкость и героизм, проявленные во время ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС».