В слове шесть буква с обозначает глухой мягкий согласный [c'] — это легко определяется на слух. Буква с обозначает звонкий согласный [з] перед следующими звонкими парными согласными: б (сбой), г (сгинуть), д (сдать), з (сзади).

Двузначное число - корректное сочетание. Но "двузначное число процентов" - неудачно (непонятно, на сколько именно процентов - на 10? на 99?).

Названные вами сочетания со словом цифра корректны, хотя употребление цифра в значении "число" может иметь разговорный оттенок.

Правильно: Анализ ресурсного обеспечения показал, что как округ в целом, так и мегаполис имели более низкую обеспеченность, чем... См. подобные случаи в параграфе 29 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). 

По современным правилам пунктуации тире в предложении не ставится, так как между подлежащим и сказуемым-существительным стоит частица лишь. См. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Нормативными словарями зафиксирован только вариант

ДИНОТЕ́РИЙ, -я, м. Род вымерших млекопитающих, сходных со слоном (жили в третичный период). [От греч. δεινός — страшный и θηρίον — зверь].

Запятая нужна, чтобы обособить обстоятельство с производным предлогом ввиду. Сравним пример из параграфа 75 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Но, вопреки возможному, солнце вышло ярко-красное, и всё в мире порозовело, покраснело.

Если Вы имеете в виду список корней, в которых написание букв на месте безударных гласных не соответствует общему правилу, а подчиняется традиции, то их полный список приведен в § 35 и 36 "Правил русской орфографии и пунктуации". 

Написание личных имён подчиняется традиции. Иногда служебные элементы при передаче по-русски включаются в фамилию (Д'Артаньян, Ди Каприо), иногда нет. Так что возможны написания как Де Боуз, так и Боуз. Твердых правил для передачи иностранных фамилий не существует.

Запятая после слова например нужна. Если вводное слово находится в начале оборота, заключенного в скобки, то оно отделяется запятой. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. М., 2003. Параграф 25 («Вводные слова и словосочетания»), пункт 4, примечание 2.