При соблюдении рекомендуемой последовательности постановки знаков никаких ограничений по их числу нет. Так, в принципе возможны и кавычки третьего уровня вложенности, хотя очевидно, что нагромождение знаков не вызовет положительных эмоций у читателей текста.

Алтарь - это не столько место поклонения, сколько жертвенник. На наш взгляд, не обязательно в тексте пояснять назначение алтаря.

Сочетание "смертный человек" корректно. При этом в Вашем примере слово "человек" вообще можно убрать.

В подобных случаях возможны разные способы оформления. Выбор зависит от типа издания. В научной и учебной литературе более употребительны такие приемы: звук [а], буква е, слово дом. В публицистическом тексте возможно выделение кавычками.

В деловом тексте стремятся к максимальной точности. Этим объясняется и требование указывать тип населенного пункта. Существуют и шаблоны, которыми руководствуются при оформлении документов. Как представляется, некоторые из образцов допускают вариантные записи названия города.

Вполне допускаем существование текста, в котором речь идет о лидерах и порядке их упоминания, размещения, следования друг за другом. Иными словами, едва ли есть какой резон обсуждать стилистическую характеристику этого словосочетания без контекста.

Увы, это вопрос не к лингвистам, а к разработчикам автоматизированной системы тестов. Вероятно, проще всего не ставить знаки препинания в конце элементов перечня, но нужно понимать, что это будет нарушением норм оформления текста. 

Правилами русского правописания не регламентировано употребление прописных и строчных букв в названиях, оформленных латиницей. Поэтому написание со строчной не будет орфографической ошибкой, но важно, чтобы читателю текста было понятно, о чем идет речь.

Если с изменениями действительно относится к приказу, то запятая не нужна. Возможно, с изменениями относится к положению, и в таком случае в тексте возникает сочетание «внести изменения в Положение с изменениями».