Оба варианта возможны.
Выбор вариант зависит от реальной ситуации: 1. В связи с непрохождением Ивановым А. И. проверки знаний контролера; 2. В связи с непрохождением контролером Ивановым А. И. проверки знаний...
Мы не выполняем домашние задания.
Числительное два требует от существительного постановки в форму родительного падежа единственного числа: две последние строки́.
Возможный вариант: Ложка дегтя — нет, две! — в бочку с жизненным мёдом.
Корректно использование в вопросе и ответе одной и той же падежной формы топонима. При этом можно сказать и "в Барсуки", и "в Барсуках". После слов "куда именно" запятая не ставится.
Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.
В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда».
Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.
Оба варианта верные.