Ваши варианты согласования верны.
Правилен второй вариант: …одна из причин, по которым…
Это домашнее задание для нас?
Принципы выбора между формами родительного и винительного падежа при переходных глаголах с отрицанием изложены в «Письмовнике». Так, в приведенном примере слово участие нужно поставить в родительный падеж, поскольку это отвлеченное существительное: Школьники уже не принимают участия...
Выбор словосочетания определяется смысловыми особенностями предложения. О чем идет речь? О предоставлении руководителям неких мер стимулирования? О стимулировании руководителей? В дополнение отметим грамматические свойства словосочетания: в его составе пять существительных. Такой ряд затрудняет понимание предложения, а следовательно, его стоит отредактировать.
Корректными считаются оба варианта.
Верно: необъяснимых (чем?) логикой.
