Запятая нужна. Объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".
Да, пояснительный оборот выделяется парными знаками.
Пробел нужен.
Здесь все зависит от того, с какой глагольной формой связано обстоятельственное сочетание в целях оптимизации кадровой структуры Департамента. Если оно связано с деепричастием руководствуясь, то запятая нужна, чтобы закрыть причастный оборот. Если с причастием утвержденного — запятая не нужна, поскольку в этом случае сочетание входит в причастный оборот. Если же указанное сочетание связано с глаголом внести (изменения), то нужно изменить порядок слов: В целях оптимизации кадровой структуры Департамента, руководствуясь пунктом 25 Положения о Департаменте, утвержденного постановлением Администрации от 08.12.2024 № 25, внести изменения...
При написании даты цифрами буква "г." не требуется.
Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Словарь Ефремовой не является нормативным орфографическим словарем, и некоторые рекомендации этого словаря вызывают вопросы. Наречие донельзя пишется слитно, что зафиксировано академическим «Русским орфографическим словарем» и многими другими нормативными словарями русского языка.
