Ваш вопрос можно разбить на несколько вопросов, каждый из которых требует ответа.

1. Список Минобрнауки со временем может (и должен) быть расширен, ибо сейчас в нем нет (вопреки названию) ни справочников, ни грамматик, а есть только 4 словаря, выпущенные к тому же одним издательством. В этом перечне отсутствуют многие авторитетные академические словари, что вовсе не делает эти издания ненужными и не заслуживающими доверия. «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой (если о нем речь в Вашем вопросе) не нуждается в каких-либо представлениях и рекомендациях, это один из лучших словарей русского языка, к которому можно обращаться и на который можно ссылаться.

2. Орфографию нужно проверять по орфографическим словарям; словарь, о котором мы говорили выше, – толковый. А вот к современным изданиям, выходящим под названием «Орфографический словарь под ред. Ожегова», надо подходить с максимальной осторожностью, надежными справочниками по современному русскому языку они служить не могут. Подробнее об этом см. в ответе на вопрос № 258989.

3. Написание буквы Ё регулируется правилами русского правописания. В соответствии с ними буква Ё пишется в 3 случаях: 1) когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное), сюда же относится Ё в именах, отчествах, фамилиях людей: Чернышёв – Чернышев; 2) когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма; 3) в cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения. В остальных случаях написание Ё факультативно (необязательно).

В названиях городских округов закреплен именно такой порядок слов – городской округ такой-то. Это связано с необходимостью унифицировать наименования, ср.: городской округ Долгопрудный, городской округ Домодедово, городской округ город Дзержинск, но при этом: Сибирский федеральный округ, Нижегородская область.

Прилагательное киприотский фиксируется словарями.

Кипрский – прилагательное от Кипр; киприотский – от киприот (житель Кипра), означает: 'относящийся к киприотам, принадлежащий, свойственный им' (например: киприотские песни). 

Нет, выражения пьяного талисмана вывели с поля, хочу такого магнитофона и мальчик любит своего рюкзачка некорректны.

Дородный — "здоровый, полный, сильный, дюжий"; в говорах употребляется также в значениях "красивый, видный", "способный, усердный", "хорошего качества, выделки" (дородный платок, дородное пиво); "урожайный" и т. п. См. также в словаре В. И. Даля: "Дородиться... О хлебе, плодах: родиться обильно. Хлопок не дородился и вздорожал. Дород м. урожай в должной мере. Ныне у нас дород на коноплю, а недород на лен. Дородчивый, о растении, урожайный вообще, не по годам. Нет хлеба дородчивее проса. Дородчивость ж. свойство дородчивого. И т. п. Иначе говоря, дородный — такой, который хорошо уродился (дородился). 

Правильнее относить букву д в части -дцать к орфограмме «передача звука [ц]». Подробнее см. здесь. 

Стелить – глагол первого спряжения (хоть и оканчивается на -ить). Это исключение. Правильно: стелешь, стелет, стелют.

Слово незыблемый образовано от глагола зыбить(ся), который относится к глаголам I спряжения, хотя и оканчивается на -ить (см. также брить и  зиждиться).  

Вообще говоря, приведенные Вами примеры различаются значением. Частично названное Вами явление объясняется семантической диффузией (в англоязычной лингвистике используется термин ambiguity) и синтаксическим параллелизмом.