В вашем предложении знаки препинания расставлены верно. 

Знаки препинания во фрагменте расставлены правильно.

Оба приведенных варианта допустимы, но предпочтителен первый из них: тире в бессоюзной конструкции лучше отражает смысловые отношения между ее частями. А еще лучше их отражает двоеточие, поскольку это отношения пояснения: Если честно, получилось как в столовой: гарнир вкусный, мясо не очень. Если автор намерен подчеркнуть противопоставление двух последних частей конструкции, он может использовать тире: Если честно, получилось как в столовой: гарнир вкусный — мясо не очень.

Тире между подлежащим и сказуемым в двух последних частях конструкции допустимо, если в другом месте предложения не поставлено тире, например: Если честно, получилось как в столовой: гарнир — вкусный, мясо — не очень.

Да, в данном предложении в конце концов является наречием (со значением «после всего, в результате всего») и не должно выделяться запятыми.

В формах именительного и винительного (когда он совпадает с именительным) падежей главным словом является количественное числительное, синтаксическая связь — управление. В формах косвенных падежей (включая винительный, когда он совпадает с родительным) главным словом является существительное, синтаксическая связь — согласование.

Если «И я тоже…» — устная речь супруги, то рекомендуется оформить фрагмент следующим образом:

...на надгробии которого по его желанию начертано: «Я сделал для людей всё что мог…»
— И я тоже… — вторит ему верная супруга.

Наречие как минимум само по себе не требует обособления. В приведенном предложении запятая перед ним поставлена потому, что оно находится в начале обособленного (присоединительного) оборота.

Здесь нужно поставить запятую.

В индоевропейских языках частица утверждения, как правило, восходит к указательным местоимениям или к их разнообразным соединениям с другими словами. Французское oui, например, восходит к латинскому hoc ego – 'вот я, то я'; итальянское si – к латинскому же слову sic 'так', а немецкое ja и английское yes (слова эти родственные) – к индоевропейской местоименной основе *io (отсюда же древнерусское местоимение и, я, е 'этот, эта, это'). 

Славянские языки, в том числе русский, не являются исключением. Русское да восходит к праславянской основе *da 'так' (от индоевропейской основы *do; в индоевропейскую эпоху слово do значило 'сюда'). Интересно, что к этой же основе восходят и немецкое zu 'к', и английское to. Лингвисты предполагают существование в общеиндоевропейскую эпоху местоименной (указательной по значению) основы *de-: *do, от которой (возможно, от одной из падежных форм) и происходит праславянское *da. В других славянских языках утвердительные частицы тоже происходят от указательных местоимений: чешское ano 'да' – от сочетания a-ono, а по-польски да будет tak.

Таким образом, механизм образования утвердительных частиц в индоевропейских языках практически одинаков, а многообразие вариантов объясняется различными фонетическими и лексическими процессами, происходившими в разных языках на протяжении многих столетий.

В данном случае слова а именно стоят перед присоединительным членом предложения (а не предложением), двоякое прочтение невозможно, поэтому двоеточие или другие знаки препинания после а именно не требуются.