В документах, регламентирующих названия морских судов и внутреннего водного транспорта, мы не нашли запрета на использование запятых. Правда, там есть рекомендация не использовать в названии более двух слов.

С другой стороны, бегло просмотрев списки зарегистрированных в России судов, мы не увидели ни одного названия с запятой или точкой.

Но, поскольку байдарки не подлежат регистрации, Вы можете назвать лодку как угодно. С точки зрения языка запятая стоит абсолютно верно.

Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

Возможно двоякое толкование, хотя чаще имеется в виду, что вторая дата входит в указанный период. Для того чтобы избежать разночтений, рекомендуем добавлять слово включительно.

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Предлагаем такой вариант: 

Пусть бы (Вот бы, Ах, если бы) он всегда, глядя в окно, радовался.

Синтаксическое желательное наклонение принадлежит к числу ирреальных, поэтому грамматическое выражение отнесенности к будущему здесь невозможно. Если это необходимо, нужно ввести лексический показатель (Пусть бы он впредь...)

В приведенном Вами контексте прилагательное герметичные может быть понято и как относящееся только к слову пакеты, и как относящееся к обоим словам сочетания пакеты либо мешки. Фраза в скобках (невозможность проникновения кислорода воздуха и предотвращение окисления продукта в процессе хранения) грамматически не согласована ни с одной частью высказывания, поэтому понять, к чему она относится, решительно невозможно. 

Да, эта смысловая интерпретация верна.

Опираясь на многочисленные примеры из художественных текстов, можно утверждать, что в конструкциях, начинающихся частицей «только и» и содержащих союз «что», перед союзом последовательно ставится запятая. Да, в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» указано: запятая не ставится перед союзом что в выражении только и… что, за которым следует существительное или местоимение: Только и денег что пятак в кармане; Только и всего что рубашка на теле; Только и развлечений что кино раз в неделю; Только и свету что в окошке; Только и разговоров что о них двоих. Однако примеры из художественной литературы опровергают эту рекомендацию, они свидетельствуют о том, что и в этих случаях перед союзом ставится запятая: Только и света, что внучки! А кто их знает, какие они будут? И. Гончаров, Обрыв. За многочисленными столиками гул стоял, только и разговоров, что о последних событиях в столице. В. Шишков, Емельян Пугачев. Так что запятую в подобных конструкциях предпочтительно ставить.

Названия праздников, карнавалов не заключаются в кавычки.

В данном случае для постановки запятой нет оснований. Чаще всего запятые ставятся по своим правилам, а тире ─ по своим. В редких случаях наличие тире «отменяет» постановку запятой. Однако каждый из знаков препинания в предложении должен быть оправдан правилами пунктуации.

О современной пунктуации читайте в справочниках, один из них: полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.