Нужно тире: Oписать систему математически с учетом присущей ей нелинейности - значит не выпустить из поля зрения многие режимы, в том числе и те, что не бросаются в глаза, но могут возникнуть.
Слово "проблемы" может использоваться в разговорной речи в значении "трудности", поэтому оказывается возможным и сочетание "испытывать проблемы". Но оппонент прав в том, что в стилистически нейтральном или научном тексте такое сочетание неуместно.
С точки зрения правил пунктуации предложение оформлено корректно. Единственная погрешность состоит в том, что точка после закрывающей кавычки не нужна, так как прямая речь оканчивается знаком конца предложения, в данном случае вопросительным.
О знаках препинания при оборотах с союзом в том числе см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в Вашем предложении союз неуместен, так как не указано, из какого круга случаев выделяются названные.
В бытовой речи, пожалуй, такой оборот возможен, однако в любых других (назовем их официальными) случаях мысль о том, что стоит ограничиться необходимой и достаточной информацией, не содержащей избыточных сведений, следует выразить иначе.
С точки зрения норм современного русского языка оба варианта корректны, поэтому вопрос только в том, какое сочетание закрепится в качестве термина. Пока что, насколько мы можем судить, уверенно лидирует термин психологическая гибкость.
Самый простой и надежный путь в поисках ответа на подобный вопрос — словарный. Толкование слова приоритет, грамматические сведения о нем и цитаты помогут подтвердить или опровергнуть любые, в том числе сравнительные, предположения.
Постановка запятых внутри составного подчинительного союза потому что в данном случае оправданна. Корректная пунктуация: Есть разница в том, для чего заниматься спортом: потому, что это надо, и потому, что это приносит удовольствие.
Запятая нужна, если оборот с союзом как содержит оттенок причинного значения («будучи владыкой морского царства, Нептун заботится...»). Запятая не нужна, если это заголовок («рассказ о том, как владыка морского царства Нептун заботится...»).
Если слова «Исполнитель не имеет права требования соответствующих процентов» тоже относятся к словам «Стороны договорились» (т. е. стороны договорились и о том, что Исполнитель не имеет права требовать проценты), запятая не нужна.
