Если с изменениями действительно относится к приказу, то запятая не нужна. Возможно, с изменениями относится к положению, и в таком случае в тексте возникает сочетание «внести изменения в Положение с изменениями».

Правила разрешают писать с прописной буквы нарицательные существительные в контекстах, где им приписывается особый высокий смысл. Если автор считает, что слово заказчик в его тексте обладает таким смыслом, то употребление прописной буквы будет оправданным.

В письменном тексте слово цитата избыточно. На цитату указывают кавычки. Если необходимо записать дословно устную речь, то слово цитата можно оформить как вставку, обособив его знаками тире: Сидоров оскорбил меня, назвав – цитата – «отсталым человеком».

"Лингвистического" правила нет. Следует руководствоваться принципом информационной достаточности. Т. е. теоретически без данного уточнения читатеть может подумать, что в тексте речь идет о городах Владимир, Ярославль и др., не являющихся административными центрами соответствующих областей.

Букву Ё следует писать в любом тексте (в соответствии с действующими правилами правописания) в собственных именах и наименованиях, а также в тех случаях, когда слово без точек над Ё может быть неоднозначно понято читателем. 

Фиксация в академическом орфографическом словаре такова:

шенге́нский (от Шенге́н; шенге́нские соглаше́ния, шенге́нская ви́за), но: Шенге́нская конве́нция, Шенге́нская зо́на, стра́ны Шенге́нской гру́ппы

Официальное название органа власти – Федеральная таможенная служба, сокращенное официальное название – ФТС России. Если, например, в тексте сначала употребляется полное название Федеральная таможенная служба, а далее просто таможенная служба, то слова таможенная служба пишутся строчными.

Если текст книжного стиля (особенно если это официально-деловая речь), следует писать: министр приехал. Однако, если важно подчеркнуть, что министр -– женщина, верно: министр приехала. Сказуемое в форме женского рода также допустимо в разговорной речи.

В деловом тексте скобки могут использоваться как в пояснительной, так и в разделительной функции, поэтому установить, тождественны ли по значению интересующие Вас термины, можно только при обращении к документам, в которых имеются их определения.

Форма макак зафиксирована в орфографическом словаре, который регулирует правописание. Толковые словари русского языка предлагают только форму макака. В тексте телевизионной передачи лучше использовать форму женского рода, в том числе в сочетании со словом самец.