Указанная запятая нужна.

Запись до Ховрина корректна.

Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

Это не ошибка, довольно часто в предложениях стоят два вводных слова подряд, в том числе так, например.

Двоеточие не требуется.

Дать рекомендации сложно, так как неясен смысл последней части: не/ни Иванов, не/ни Петров, а именно Иванов.

Корректно: Заверенная копия доверенности, выданной Ивановой М. И. / оформленной на имя Ивановой М. И. 

Запятая перед скобками никогда не ставится. Таким образом, верны вторые из приведенных Вами вариантов оформления.

Эта ситуация не описана в правилах, но мы рекомендуем запятую не ставить, как не ставится запятая в сложноподчиненном предложении между двумя однородными придаточными (корректно: в материале авторы расскажут, как Иванов стал директором и в чем ему не отказал Петров). См. также ответ на вопрос № 308553.