Да, приложение учителю физики школы № 5 выделяется запятыми: Благодарность Ивановой Марии Алексеевне, учителю физики школы № 5, за выступление на семинаре.
Правильно: кризис супружеской пары Ивана и Маши.
Дефисное написание правильно. Ученый здесь – существительное в значении 'высококвалифицированный специалист в области науки'. При раздельном написании ученый превратится в прилагательное со значением 'грамотный, образованный', т. е. сочетание ученый пчеловод будет означать 'грамотный пчеловод' (подразумевается, что есть и пчеловоды-неучи).
Корректно: Марк Шагал принадлежит к мечтательному, дерзкому племени одержимых искусством.
Предпочтительна форма мужского рода.
Слова по своему обыкновению обособляются: Мария Захарова, по своему обыкновению, за словом в карман не полезла.
А что означает это слово? Если это название организации, то писать его нужно так, как это делается в учредительных документах (иными словами, нужно заглянуть в официальные бумаги).
Варианты конкурируют. "Старой" литературной норме отвечает только вариант маши, но сегодня вариант махай не запрещается словарями.
Слова колея и колесо этимологически родственные (колея буквально – 'след от колес'). Но в современном русском языке эти слова однокоренными не являются.
