Да, проверка словом ворон возможна. Но в методических целях проверяемые слова иногда включают в списки словарных слов. Это может быть сделано, чтобы обратить особое внимание на трудные слова, на слова определенной модели, с каким-то общим элементом (например, с сочетанием оро).

При выполнении подобных заданий нужно исходить из той классификации, на которую опираются контрольно-измерительные материалы. Если в этой классификации предусмотрены местоименно-изъяснительные предложения, то никаких вопросов не возникает. Но в школьной классификации этого нет. Местоименно-определительными в этой классификации называют предложения типа Тот, кто ждет тебя дома, уже переживает. Согласитесь, что ничего общего с этой конструкцией то предложение, которое содержится в вопросе, не имеет.

В структурно-семантической классификации (она изучается в университетах) ваше предложение попадает в класс сложноподчиненных предложений нерасчлененной структуры, с корреляционной связью, местоименно-соотносительных. К местоименно-соотносительным относятся и те, что в школе называют местоименно-определительными, и другие типы. Внутри местоименно-соотносительных различают предложения отождествительного типа (это, в частности, как раз Тот, кто ждет тебя дома, уже переживает), вмещающего типа (например, Артем начал с того, что вымыл все окна) и фразеологизированного типа (например: Концерт был до того хорош, что зрители долго не отпускали артистов). Внутри каждого из трех типов местоименно-соотносительных предложений выделяются, в свою очередь, разновидности.

И вот теперь — самое главное. Структурно-семантическая классификация намного точнее описывает богатство конструкций русского сложноподчиненного предложения. Но и она не охватывает и не может охватить его полностью. Школьная же классификация предельно упрощена, и потому она сводит в большие типы совершенно разные конструкции. Вот почему и возникают вопросы вроде вашего.

Ознакомиться со структурно-семантической классификацией — при желании — можно по академической «Русской грамматике» (М., 1980. Т. II. Синтаксис). Можно по учебникам для университетов, например по учебнику «Современный русский язык. Синтаксис» под ред. С. Г. Ильенко (М.: Юрайт, 2016 или последующие переиздания).

Учитель прав. Здравствуй(те) и извини(те) могут быть междометиями (см. ресурс «Проверка слова») и формами повелительного наклонения глаголов здравствовать и извинить (здравствуйте долгие годы, извините меня).

Строго говоря, при такой формулировке задания, которую приводите Вы, выписывать эти слова было не нужно, т. к. в словаре слова даются в своей начальной форме (для глаголов это форма инфинитива: здравствовать и извинить). Раз в словаре даны формы здравствуй и извините, следовательно это междометия. Но знание таких тонкостей вряд ли можно требовать от учеников 4-го класса.  

Здесь есть важное примечание, на которое необходимо обратить внимание: при определении спряжения (а следовательно, и при выборе гласной в окончании глагола) нужно обязательно убрать приставку вы-, перетягивающую на себя ударение. Получаем глагол горИт с ударным окончанием. По ударному окончанию определяем спряжение - второе. На гласную в инфинитиве не обращаем ни малейшего внимания.

Нужно сказать, что такую ошибку допускают почти все школьники.

Корректная пунктуация: По таким предметам, как английский язык и физическая культура, преподавание ведется по учебникам авторов, у которых создана единая линия преподавания предмета с 1 по 11 класс.

Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Желательно повторить.

Нет, в этом случае не сравниваются результаты ученика с результатами одноклассников. Речь идет о собственных успехах ученика, о том, что его собственные результаты (оценки) перестали, условно говоря, контрастировать и выровнялись.