В обоих случаях верно: раза.

Война Алой и Белой розы – устоявшийся термин. Зачем его менять?

Ясность внести действительно необходимо. Во-первых, никаких новых правил никто не принимал. То, что в СМИ назвали «принятием новых норм», было на самом деле утверждением списка словарей, содержащих нормы современного русского языка. В этих словарях, вопреки сообщениям журналистов, не содержится ни одного нововведения: все варианты, вокруг которых поднялась шумиха, фиксируются словарями русского языка уже не одно десятилетие, при этом некоторые из них (а именно йогУрт и брачащиеся) когда-то и вовсе были единственно правильными. Что касается слово кофе: указание на допустимость его употребления в разговорной речи как существительного среднего рода находим еще в словарях 1970-80-х гг. (см., например, Скворцов Л. И. Правильно ли мы говорим по-русски? М.: Знание, 1980). Поэтому говорить о том, что слово кофе теперь и среднего рода, некорректно. Подробнее о шумихе вокруг «новых норм» см. в редакционной статье А был ли йогурт?

Во-вторых, род и склоняемость – абсолютно разные вещи. Приобретение словом кофе среднего рода не означает перехода его в склоняемые существительные, как не стало склоняемым существительное среднего рода метро (к слову, в первой трети прошлого века бывшее существительным мужского рода).

Верно: ...подписавшим три вышеуказанных платежных поручения.

Спасибо! И Вас с праздниками!

Не будет ошибкой согласование по женскому роду (если ориентироваться на стержневое слово администрация) и по среднему роду (если перевести стержневое слово на русский язык как «агентство», «управление»).

Возможны оба варианта. 

См. в учебнике Е. И. Литневской, Склонение существительных.

Речь идет о степени или уровне безопасности, поэтому правильно: высокая степень безопасности или высокий уровень безопасности.

Вы правы, это слово общего рода. К какому роду относится слово, можно проверить, например, по академическому орфографическому словарю. Для слов общего рода там дается помета м. и ж.