Корректно: Согласно указанию начальника хозяйственно-эксплуатационного управления Центрального банка РФ служба эксплуатации энергооборудования дирекции по обслуживанию и эксплуатации комплекса зданий № 3 направляет внеплановую заявку на проведение работ хозяйственным способом.

При этом остается неясным, что означает фраза проведение работ хозяйственным способом, и существует ли в действительности  дирекция по обслуживанию и эксплуатации комплекса зданий № 3. 

Предложенный Вами вариант невозможен, поскольку здесь нет слова вообще. Запятая перед и в частности нужна, она выделяет уточняющий оборот.

Выделение оборота, начинающегося с согласно, не обязательно, однако возможно. Поэтому корректны такие варианты: 1. Нужно иметь в виду, что согласно Налоговому кодексу РФ суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам; 2. Нужно иметь в виду, что, согласно Налоговому кодексу РФ, суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам. 

К сожалению, правила недостаточно четко регламентируют данную ситуацию. При прямой речи, стоящей после слов автора и заканчивающейся вопросительным знаком, восклицательным или многоточием, точка не ставится (см. оформление примеров в § 196 Правил 1956 года). Однако Ваш пример ближе к предложениям, в которых при разных знаках внутри кавычек и в конце всего предложения, знак конца предложения все же ставится. Приведем правило из Полного академического справочника под ред. В. В. Лопатина (§ 159): «если перед закрывающей кавычкой стоит знак вопросительный, восклицательный или многоточие (и на этом предложение заканчивается), то те же знаки, необходимые по условиям всего предложения, не повторяются после закрывающей кавычки; неодинаковые знаки (перед кавычкой и после кавычки) ставятся». Ср. примеры: 

     Вы читали роман «Кто виноват?»

       Неужели вы не прочитали роман «Что делать?»!

Предлагаем: Стороны считают, что Поставщик не несет ответственности за причинение ущерба имуществу Покупателя по неосторожности: 1) при оказании помощи по просьбе Покупателя в освобождении помещения для сборочно-монтажных работ в случае неготовности (неполной готовности) помещения; 2) при освобождении помещения для сборочно-монтажных работ в случае обнаруженной Поставщиком неготовности (неполной готовности) помещения даже при условии своевременного получения от Покупателя письма согласно п. ... Договора № ... о готовности помещения к поставке и монтажу.

Оба варианта корректны, но имеют разное значение. Вариант «аванс за строительные работы» подразумевает, что аванс выплачивается в качестве частичной оплаты за выполненные работы. В этом случае аванс является собственностью подрядчика и входит в стоимость работ. Вариант «аванс на строительные работы» предполагает, что аванс выплачивается для покрытия расходов на предстоящие работы, то есть это средства, которые будут потрачены на материалы, оборудование и оплату труда рабочих. В этом случае аванс не является частью стоимости работ и должен быть учтен отдельно.

Использование аббревиатур в наименовании темы дипломной работы может быть уместным, если эти аббревиатуры общеприняты и широко известны в соответствующей профессиональной среде. Однако стоит учитывать несколько аспектов: 1. Понятность для широкой аудитории: Используемые аббревиатуры должны быть понятны не только специалистам узкого профиля, но и широкой академической аудитории. Если есть сомнения, лучше развернуть аббревиатуру или дать пояснение. 2. Требования учебного заведения. Обязательно нужно учитывать требования и рекомендации вашего учебного заведения по оформлению дипломных работ. Иногда университеты и институты могут иметь свои собственные правила относительно использования аббревиатур в темах работ. 3. Научный стиль. В научных текстах сокращения и аббревиатуры обычно поясняются при первом упоминании, особенно если они не являются общепринятыми или легко узнаваемыми. 

Вот цитата из справочника под ред. В. В. Лопатина (раздел "Знаки препинания при вставках").

Вставная конструкция, будучи самостоятельным предложением или частью текста (ряд предложений), относящаяся к абзацу (текст вставки после открывающей скобки начинается с прописной буквы), выделяется скобками. Перед скобкой, открывающей вставку, ставится необходимый по условиям контекста знак конца предложения. Перед закрывающей скобкой ставится знак, фиксирующий конец вставного предложения: ...Так будет дальновиднее... (У Маслова клокотало в горле, хотя говорит он тихо и даже вяло.) Ничего не изменилось, Екатерина Дмитриевна!... Второе: ваш ночной гость сейчас уйдет... Вы хотите спросить — почему я настаиваю на этом? Вот мой ответ... (Он запустил руку в боковой карман засаленного, с оборванными пуговицами, пиджака, вытащил плоский парабеллум и, держа его на ладони, показал Кате.)