Да, есть: порядок слов не позволяет понять, к какому из существительных относится определение густой (выпечки густой или запах густой). Впрочем, в поэтических текстах подобное ошибкой считать нельзя.

У слова запасной производящим является существительное запас, образованное в общеславянский период префиксальным способом (приставка за-) от глагола пасти, который в то время имел значение ‘беречь, хранить’. До сих пор приставка за- и корень пас- узнаваемы и при собственно морфемном анализе выделяются на основе аналогического членения (см., например, «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

В современном языке глагол пасти имеет значение ‘заниматься присмотром за скотом и птицей во время выгона на подножный корм’. Непосредственные смысловые связи между словами пасти и запас утрачены. Поэтому при синхроническом словообразовательном анализе слово запас считается непроизводным, приставка в нем не выделяется, как и в других образованных от него словах.

Замечательный — это отглагольное прилагательное, образованное от глагола замечать с помощью суффикса -тельн-. Этимологически в производящем глаголе выделяются приставка за- и корень -мет-. Такое же членение рекомендуется и при собственно морфемном анализе.

В современном языке глагол заметить имеет значение ‘восприняв зрением, увидев, обратить внимание, выделить каким-л. образом для себя’, а глагол метить — ‘ставить отличительный знак, метку на ком-, чём-либо’. Смысловые связи между этими глаголами утрачены. Поэтому при синхроническом словообразовательном анализе приставка в самом слове замечать и в производных от него не выделяется.

Запятую нужно поставить.

Существительное заначка образовано от глагола заначить и обозначает: 1) нечто прибереженное, спрятанное, убранное про запас, то, что может быть использовано, израсходовано в будущем; 2) место, где нечто спрятано, убрано от других, хранится про запас, на будущее. Предложное сочетание в заначке может выражать наречное значение признака (образа, способа) действия, состояния или предмета: хранить в заначке, быть в заначке, деньги в заначке.

Вы привели в качестве примеров сложные предложения. Если речь идет о таких случаях, то пунктуация зависит не от повтора слов, а исключительно от строя предложений, отношений между их частями, а также от интонации.

Недопустимо. Шампунь – существительное мужского рода (моего шампуня).