Корректно: так же и с 5-гидроксиметил-2-фурфуролом.

Заметим, что запятой в этом предложении нет. Работа, безусловно, подлежащее.

А вот сказуемое в нем — по моей части (не фразеологизм, но устойчивое речение, синонимичное, например, местоимению моё). Это составное именное сказуемое, именная часть которого налицо, а формальная связка нулевая, т. к. время настоящее.

Слово это не является ни элементом сказуемого, ни даже членом предложения. Это частица, которая 1) подчеркивает расчлененность предложения на состав подлежащего и состав сказуемого (можно охарактеризовать и в других терминах) и 2) указывает, где сказуемое (она всегда находится при нем).

Безусловно, эта частица восходит к местоимению, и можно привести множество примеров, в которых она и является местоимением, а также множество примеров, в которых она находится как бы на полпути от местоимения к частице (например: А вот создавать новое — этого ему не дано), но в примерах, подобных приведенному в вопросе, это уже частица.

Всё зависит от того, кто (или что) управляет спиновой поляризацией электрона. Если подразумевается, что управляет сверхтонкое взаимодействие, то фраза правильна. Если подразумевается, что управляет экспериментатор (или вообще человек), которому сверхтонкое взаимодействие позволяет создавать определенные состояния ядерных спинов, то надо редактировать. Простейший путь — перестановка:
Сверхтонкое взаимодействие электрона и ядер кристаллической решетки позволяет создавать, управляя спиновой поляризацией электрона оптическими методами, состояния ядерных спинов с многочастичной квантовой запутанностью.

В этом варианте глагол позволяет, при котором всегда подразумевается кто-то, кому позволяют, актуализирует представление о субъекте, который и создает определенные состояния, управляя тем-то и тем-то.

Вторая возможность — замена деепричастного оборота конструкцией с производным предлогом путём:
...создавать состояния ядерных спинов с многочастичной квантовой запутанностью путем управления спиновой поляризацией электрона оптическими методами.

Третья возможность — разбить фразу на две:
Сверхтонкое взамодействие электрона и ядер кристаллической решетки позволяет создавать состояния ядерных спинов с многочастичной квантовой запутанностью. Это достигается управлением... и т. д.

Корректны оба варианта, однако форма мною имеет оттенок архаичности и принадлежит высокому стилю речи.

Корректно: 15 человек из 10 организаций, среди которых такие промышленные гиганты, как завод № 1, завод № 2, завод № 3.

Этикетная фраза Всего доброго — полноценная формула прощания.

Составные порядковые числительные не являются синтаксическими конструкциями. Это единые именования, синтаксических связей внутри них нет.

В разговорных речениях типа тети-Катин разумнее всего видеть также единые наименования. В параграфе 129 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2008), регламентирующем дефисные написания прилагательных, читаем:

«3. [Пишутся через дефис] Прилагательные, образованные от сочетаний имени и фамилии, имени и прозвища, напр.: вальтер-скоттовский (Вальтер Скотт), жюль-верновский, ромен-роллановский, робин-гудовский, чайльд-гарольдовский, козьма-прутковский, чарли-чаплинский, а также прилагательные типа дяди-Стёпин, тёти-Валин...»

Соответственно, о синтаксических связях внутри таких прилагательных говорить также не приходится.

Что же касается именительного падежа и его конкуренции с творительным в тех случаях, когда существительное является именным компонентом сказуемого, ни о каком управлении или примыкании и, шире, ни о какой подчинительной связи говорить не приходится. Маркирование именного компонента сказуемого возможно как именительным, так и творительным падежом. При этом в зависимости от типа связки и даже от конкретной связки предпочтителен или именительный, или творительный падеж. В конструкциях именования предпочтителен как раз именительный падеж.

Возможны варианты написания: 15 %-ный, 15 %-й, 15-процентный. В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой говорится, что в изданиях деловой и научной литературы предпочтительно написание 15 %-й, хотя более распространено написание 15 %-ный (3-е изд. М., 2009. С. 152).

Сокращение дот (долговременная огневая точка) пишется строчными буквами: дот № 8.

Дистантное расположение обособленного определения в приведенных Вами примерах вполне корректно и играет роль синтаксического средства выразительности. Приведите, пожалуйста, конкретные примеры из заданий ЕГЭ, которые кажутся Вам неверными.