Запятая возможна, но не обязательна.
Например, так. Дополнение № 5 согласовано с замечанием: «Последний абзац нужно дать в следующей редакции: " ... Перечень №3, утвержденный Министерством ..."».
Но обычно таких конструкций избегают, указывая: дополнение такое-то согласовано с замечанием под номером таким-то.
Числительное девяносто имеет только две формы: девяносто в именительном и винительном падежах и девяноста во всех остальных падежах. Подробнее о склонении числительных в «Письмовнике».
Вспомните об исключениях: гнать, держать, дышать, зависеть... Все приставочные образования от этих глаголов тоже являются исключениями. Держать входит в число исключений, в личных окончаниях пишется И (держит), поэтому тот же гласный пишется и в личных окончаниях глагола содержать.
Ошибок нет.
Сочетание сдать на права корректно и зафиксировано словарями русского языка.
В данном случае сколько понадобится - обстоятельство.
Возможные варианты: 3 сентября 2008 года; 03.09.2008 г.; 03.09.08 и др.
Дату (при цифровом написании) принято оформлять так: 21.01.2008.