Это словарь еще готовится к изданию. 

Как и все географические названия славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, название Бухалово склоняется в образцовой литературной речи, например: из Бухалова, в Бухалове. В разговорной речи допустимо название не склонять: из Бухалово, в Бухалово.

Нужно выделить с двух сторон деепричастный оборот, в остальном пунктуация верна: — Он спит, — захотела Гаяна отмахнуться от ночного гостя, но, узнав его суровый проникающий взгляд, повернулась и пошла обратно к кровати.

Указанные в скобках запятые не нужны, так как союз и в том и в другом предложении соединяет две однородные придаточные части (в первом примере главная часть восстанавливается приблизительно как Мы расскажем, какие факторы влияют на этот процесс и возможно ли его замедлить).

Слово "переопереться" действительно не зафиксировано в словарях современного русского языка, однако это не значит, что оно не соответствует языковой норме.   

Если сочетание по (чьей-л.) логике указывает на источник сообщения, то оно действительно выполняет функцию вводного.

В нормативных словарях русского языка колор... зафиксировано только как первая часть сложных слов, с ударением на первом слоге. В академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, находим:

ко́лор-и́ндекс, -а
ко́лор-эквивале́нт, -а
ко́лор-эксце́сс, -а

Как самостоятельное существительное колор в словарях не закреплено, поэтому о правильности или неправильности того или иного варианта произношения говорить не приходится.

В кавычках приводятся вопросительные предложения, на что однозначно указывают вопросительные слова, и сопроводить их вопросительными знаками вполне уместно; при этом вопросительный знак в конце предложения не повторяется, поскольку он поставлен в конце второго из приведенных в кавычках предложений: В какой момент «Что это за уродство, на кой вы это сюда воткнули?» превращается в «Это вообще-то историческое здание, какого чёрта вы его снесли?»

Знаки препинания расставлены верно. Запятая, поставленная в скобках, не нужна.

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.