Это винительный падеж, такие конструкции носят разговорный оттенок (но разговорная речь тоже часть литературного языка).
Ударение на дверИ корректно. Ударение в локативах действительно падает на последний слог, но в некоторых случаях формы местного падежа не соответствуют современной литературной норме (считаются просторечными), например: в дубу, в дому. Поэтому, если возникают сомнения, в каждом конкретном случае лучше свериться со словарем.
Корректно: нажатием на ярлык, находящийся на рабочем столе...
На основании (чего?) служебной записки.
Корректно без запятой.
Верны два варианта: на автобусе, автобусом.
См. ответ на вопрос № 283982.
Такие названия обычно не склоняются.
Ударение падает на и.
Название города Йошкар-Ола склоняется, поэтому корректно: города Йошкар-Олы.