Корректно: Эх вы, дураки безмозглые!

Слово конечно обычно выделяется запятыми в качестве вводного: Конечно, много значит привычка (Ч.); Вам до меня, конечно, нет никакого дела (А. Т.); Вначале были трудности, конечно.

Но иногда слово конечно, произносимое тоном уверенности, убежденности, приобретает значение утвердительной частицы и пунктуационно не выделяется: Конечно правда!; Конечно же это так; Я конечно бы пришёл, если бы меня заранее предупредили. Ср.:

— Вы согласны?
— Только в принципе, конечно («разумеется»).
— Но в принципе вы согласны?
— В принципе конечно («да»).

В художественной литературе вы пишется с маленькой буквы. Сфера употребления Вы с большой буквы – личные письма и официальные документы.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Дело в том, что Ньютонов - это притяжательное прилагательное, а ньютоновский - относительное. Притяжательные и относительные прилагательные пишутся по-разному.