Правила согласования сказуемого с однородными подлежащими имеют много нюансов (в частности, форма сказуемого зависит от формы связи между однородными подлежащими), но общие рекомендации не изменились: при нормативном порядке слов (сказуемое после подлежащего) сказуемое ставится во множественном числе, при обратном порядке — сказуемое употребляется в единственном числе.

Для постановки запятой нет оснований: союз и соединяет определенно-личные предложения с одинаковой формой глагола (1-е л. мн. ч.) и одним и тем же субъектом. Для выражения значения неожиданного присоединения уместно поставить тире: Снова пройдёмся по пейзажам, растениям и животным — и снова удивимся тому, как многогранен мир.

Если рассматривать слова "по большому счету" как вводные (в знач. "собственно говоря"), то их следует выделить запятыми, тире при этом ставить не нужно. Если же указанные слова выступают в наречном значении (в знач. "в общем и целом"), то их обособление не требуется, при этом ставится тире перед словом "это".

Слово считаные в значении 'очень немногие' пишется с одним Н. Написание этого слова приведено в соответствие общему правилу: в отглагольных прилагательных, образованных от бесприставочных глаголов несовершенного вида, пишется одно Н. Раньше написание считанный приводилось в списке исключений, этим и вызвана фиксация с двумя Н в Большом толковом словаре.

С двойным н пишется суффикс -енн(ый) имен прилагательных, образованных от существительных: солома – соломенный, обед – обеденный, жизнь – жизненный. Прилагательные, образованные от глаголов несовершенного вида, пишутся с одним н (соотносительные с ними причастия – с двумя н): жарить – жареный (прилагательное) и жаренный (причастие), ср.: жареная картошка и жаренная на сковороде картошка.

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Союз и никак не влияет на постановку запятых: выделяется запятыми с обеих сторон приложение, относящееся к имени собственному, если оно стоит после определяемого существительного. Ср. пример из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: Чемодан внесли кучер Селифан, низенький человек в тулупчике, и лакей Петрушка, малый лет тридцати в подержанном сюртуке.

Частеречная принадлежность указана в правиле: это частицы. Следует отметить, что правила пунктуации в общем случае говорят о знаках между предикативными частями предложений, членами предложения и некоторыми словами, не являющимися членами предложений (такими как вводные слова, междометия, обращения, вставные конструкции и др.). Собственно "части речи" знаками препинания не выделяются.

Сочетание делай _ как я сказал — разговорная конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом (сравним: Делай так, как я сказал). В общем случае запятая в них ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника Д. Э. Розенталя).

Предпочтительным (с учетом смысловых особенностей высказывания) представляется такой вариант: Одной из первых посетительниц нового адаптивного пляжа стала российская спортсменка, призер летних Паралимпийских игр – 2020. Если по каким-либо причинам (например, стилистическим) важно сохранить типовую грамматическую формулу, то следует принять во внимание мужской род существительного посетитель: Одним из первых посетителей...