Второе тире не требуется: По данным Medical News Today – одной из ведущих издательских компаний в области здравоохранения, количество общего холестерина в крови здорового человека не должно превышать 5 ммоль/л, так же как и не должно быть существенно ниже этого показателя.

Первое тире также можно заменить на запятую.

Первое из приведенных предложений нужно отредактировать: Говорят, что они первые поселенцы и что сам правитель прислушивается к их советам; другой возможный вариант: Говорят, они первые поселенцы и сам правитель прислушивается к их советам. Второе предложение нужно оформить так: Знаю, что все мы пленники и нами управляют, как марионетками.

Орфографически верным было бы написание Общероссийский профсоюз образования: в названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные.  Однако в уставе организации второе слово названия тоже пишется с прописной. При оформлении документов название нужно писать в соответствии с тем, как оно зафиксировано в уставных документах.

Сейчас нормативны оба варианта: одновременно и одновременно. Первый вариант предпочтителен (особенно для работников эфира), однако и второй допустим.

Первое сочетание можно написать и в кавычках, и без: рукава «летучая мышь» и рукава летучая мышь. Выбор может быть обусловлен тем, знакома или нет предполагаемая читательская аудитория с различными фасонами рукавов, знакомо ли ей сочетание летучая мышь как термин. Второе сочетание лучше писать через дефис как определяемое слово и согласованное приложение: рукава-фонарики.

Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.

Поддерживаемый - от глагола первого спряжения (поддерживать, поддерживает). Глаголы держать и поддерживать относятся к разным спряжениям (ко второму и к первому соответственно).

Со словарем все в порядке, хотя, конечно, стоит помнить, что в словарях синонимов содержатся и неполные синонимы (слова близкие, но не тождественные по смыслу).

"Большой толковый словарь русского языка" С. А. Кузнецова также указывает два значения слова практически, второе из них — "по существу, по сути дела". Часто в контексте это значение совпадает с "почти".