Если в скобки заключено предложение целиком, то точка ставится перед закрывающей скобкой. Если же в скобки заключена только часть предложения, то точка ставится после скобки.
Лучше: руководить объединенными первым и вторым цехами.
Правильно: рефлЕксия.
Так как мы не знаем, о какой системе идет речь, можем дать только общую рекомендацию: запятыми выделяется оборот с союзом или, если он имеет пояснительное значение (или = то есть).
Предпочтительно: между вторым и третьим этажами.
Знаки препинания расставлены правильно.
Сочетание "разграничение границ" тавтологично, нужно исправить. Сочетание "границы принадлежности" также кажется неудачным.
Ни один из предложенных Вами вариантов не является правильным. Верно: дупел.
Эти слова образуют устойчивое сочетание, но не устойчивый оборот со значением сравнения (для оборота не хватает первой части, того, что сравнивается; собственно, нет и значения сравнения).
Запятая поставлена правильно. Слово горы пишется с маленькой буквы: Есть место в Москве, которое я люблю, – Воробьёвы горы.
