В официальной речи предпочтительно употребление такого названия с родовым словом. В этом случае оно склоняться не будет: связаться с компанией «Прософт-Системы». В разговорной речи допустимо родовое слово опустить. При этом название должно склоняться: связаться с «Прософт-Системами».

В этом предложении нужен только один знак препинания – точка в конце. Обороты с предлогом начиная с (чего-либо) не обособляются, если предлог в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово начиная обычно можно опустить).

Об обязательности какого-либо написания здесь говорить не приходится, поскольку, как мы уже отмечали, употребление смайлика не регламентируется правилами правописания. На наш взгляд, смайлик после точки ничем не лучше точки после смайлика. Точку при употреблении смайлика лучше вообще опустить.

Предложение построено неудачно. Вводное слово лучше опустить: Я хотел, чтобы ты стала ко мне ближе, а не отстранилась от меня. Также можно изменить порядок частей: Я хотел, чтобы ты не отстранилась от меня, а, наоборот, стала ко мне ближе.

В таком случае нужно использовать многоточие. Вопросительный знак при этом вполне возможно опустить, чтобы показать незаконченность высказывания; вопросительное слово почему в начале предложения само по себе указывает на вопрос:
— А почему тут написано, что ты ино...
— Тихо!

Согласно толковому словарю, глагол стучаться имеет значения «ударяться, стукаться обо что-либо» и «ударять (в дверь, окно и т. п.), стуком выражая просьбу впустить куда-л. или вызвать хозяев». 

Значение «сильно биться, пульсировать» есть только у глагола стучать. Поэтому, действительно, верно: сердца стучат.

Слово дом-музей пишется с большой буквы, если начинает собой официальное название музея: посетить Дом-музей М. Волошина. Но (не в начале названия): Мемориальный дом-музей С. Т. Аксакова.

Запятая перед сколько нужна.

Возможны варианты пунктуации в зависимости от смысла. Если смысл в том, что платить по счетам ему пришлось уже из своего кармана, запятая не нужна. Если же смысл в том, что ему пришлось отвечать за свои поступки и платить по счетам, а слова теперь уже из своего кармана носят характер попутного пояснения (т. е. это дополнительная, необязательная информация), тогда запятую надо поставить: слова теперь уже из своего кармана в этом случае обособляются как присоединительная конструкция.