Могут, но нужно смотреть конкретное предложение.
Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.
В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте.
В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.
1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.: В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.
2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.
Предпочтительно использование причастия прошедшего времени.
Эти определения не являются однородными и не разделяются запятыми.
Не обособляются определения нераспространенные и с зависимыми словами, стоящие после местоимений отрицательных, неопределенных, указательных, определительных (в том числе каждый), образующие с ними единую группу (ударение падает на определение).
Верно: каждый достаточно того желающий может...
Должность и звание – неоднородные приложения, запятая между ними не ставится. Таким образом, все три указанные запятые не нужны.
Это предложение с однородными придаточными если налаживать отношения уже поздно и ничего нельзя сделать. Поскольку они соединены союзом и, запятая между ними не требуется. Верная пунктуация: Но даже если налаживать отношения уже поздно и ничего нельзя сделать, всегда можно расстаться с человеком на чистой ноте.
Принципиальной разницы нет.
Слова и все такое обычно не обособляются.
Запятая перед ними может ставиться при определенном строе предложения (например, если есть повторяющийся союз).
Для постановки запятой нет оснований (два однородных члена вознаграждений и наказаний соединены союзом и). Повторять предлог за не нужно.
Корректно: Система вознаграждений за выполнение норм, согласие с ними и наказаний за отклонение от них.
