Предпочтительно: Не применяйте самодельные предохранители.
Оба предложения правильные.
Ваши сомнения оправданны. На первый взгляд может показаться, что недочитать и не дочитать означают одно и то же и достаточно одного раздельного написания. Однако есть контексты, которые подтверждают правильность фиксации в словаре слова недочитать, позволяют почувствовать специфические оттенки значения, отличающие недочитать от не дочитать.
Если не прочитать это произведение, многое в поэзии Дорожкиной можно недочитать, недочувствовать, недопонять, а самого автора недолюбить.
И эту жизнь надо прожить достойно, потому что обещали тем, кто недомечтал, недочитал, недоучил, не дожил.
Возможно, потому, что им самим в детстве недочитали сказок родители.
Поэтому лучше перечитать, чем недочитать.
В этих предложениях нет значения прерванного, не доведенного до конца процесса чтения (ср. с не дожить из примера выше), здесь недочитать имеет значение 'читать мало, недостаточно' и раздельное написание невозможно.
Смотрите:
Чайник остывает = чайник утрачивает тепло, становится холодным.
Чайник не остывает = чайник остается горячим.
Чайник долго остывает = для того, чтобы чайник стал холодным (утратил тепло), требуется много времени.
Чайник долго не остывает = чайник остается горячим в течение длительного времени.
Для того, чтобы чайник стал холодным (утратил тепло), требуется много времени, И ПОЭТОМУ чайник остается горячим в течение длительного времени.
Таким образом, грамматически разные конструкции выражают синонимичные (но все же не идентичные) значения.
Запятая разделяет главную и придаточную части предложения. Главная: Нет ничего плохого в том и в том. Придаточные: чтобы быть мудрым и чтобы быть важным. Первая придаточная часть расположена внутри главного предложения и должна быть отделена от него запятыми.
Предложение построено некорректно: присоединительный союз в том числе употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения чего-либо, на что распространяется сказанное в предыдущей части. Он синонимичен слову включая, и замена на синоним проявляет некорректность фразы: *Для меня арка, включая, — символ архитектуры вообще. Лучше использовать те выражения, которыми Вы объясняли задуманный смысл: Для меня арка, кроме прочего, — символ архитектуры вообще.