Наличие противопоставления требует раздельного написания: совершенно не крупные, а мелкие ягоды. При подчеркивании отрицания раздельное написание сохраняется и в контексте наречий степени (совершенно, абсолютно, исключительно и др.).

Наречие фактически не требует постановки знаков препинания. Поскольку в предложении оно находится между однородными подлежащими Миша и Вова с одной стороны и сказуемым братья с другой, тире в предложении не ставится (см. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Миша и Вова фактически братья, так как с раннего детства росли вместе. 

Потребность — подлежащее. Упрощать — определение. Детская болезнь — именная часть составного именного сказуемого с нулевой отвлеченной связкой.

Корректно: Таким образом, факты, изложенные в вашем обращении, а именно невозможность получения квалифицированной медицинской помощи в течение 3 месяцев, не подтверждаются.

Тире в бессоюзном сложном предложении ставится, если имеется в виду причинно-следственная связь: Этот мальчик был самым красивым на земле — (= поэтому) сердце трепетало в груди.

Запятая ставится по правилу о сложноподчиненных предложениях; рядом мы или нет — придаточная часть.

Корректные варианты:

• Они не будут по пять минут выбирать, взять с собой новомодный раф или отдать предпочтение капучино.
• Они не будут по пять минут выбирать: взять с собой новомодный раф или отдать предпочтение капучино?

В контексте характеристики чего-либо (а пример именно таков) сочетание по сути имеет значение «в целом, в отвлечении от частностей», играет роль обстоятельства и не обособляется, так что отделять его каким-либо знаком от предложения не нужно.

Здесь применимо правило о знаках препинания при однородных членах предложения с обобщающим словом. В приведенном предложении это слово что.

1. Индюшиный – относящийся к индюку. Индюшачий – относящийся к индейке (вне зависимости от пола птицы). 2. Написание зависит от контекста.