Однозначного ответа нет. Приставка "а" есть в греческом языке, из которого заимствовано (целиком) слово атеист.  С точки зрения синхронного (современного) словообразования приставка не вычленяется. При этом морфемные словари выделяют  в этом слове приставку и суффикс:  а/те/и'ст/.

У слов глаз и глазунья общий корень, потому что смысловая связь между ними ощущается носителями языка. Глазунья – это яичница, в которой желток зажаривают целиком, не смешивая с белком, и он напоминает глаз. Слова глаз и глазунья можно назвать однокоренными и родственными.

Правильно: писатель О. Генри.

О. — это не сокращение имени писателя, в данном случае О. Генри целиком является псевдонимом (настоящие имя и фамилия — Уильям Сидни Портер), который пишется с точкой и пробелом в соответствии с написанием в языке-источнике О. Henry.

Наименования высших должностей и титулов пишутся с прописной буквы при официальных обращениях или в документах: Император Японии; Императрица и Самодержица Всероссийская Екатерина Великая.

В остальных случаях слова императрица и император пишутся с маленькой буквы, например: Петербург начал строиться при императоре Петре I.

Ваши аргументы в пользу отсутствия запятой в подобных случаях представляются справедливыми. Добавим ещё, что в таких предложениях чаще всего есть общее для обеих частей обстоятельство, например: В сентябре разработаны планы и определены исполнители.

Такого правила не существует (во всяком случае, нам оно неведомо). Можно говорить разве что о традиции, которая возникла, вероятно, по двум причинам: во-первых, практически все женские имена в русском языке заканчиваются на -а, -я, то есть это является их отличительным признаком; во-вторых же, добавление гласного к именам, в оригинале оканчивающимся на глухой согласный, удобно в целях благозвучия, легкости произнесения. При этом в современной практике употребления существует множество иностранных женских имен, которые оканчиваются на согласный: Клер, Джун, Эдит, Ирен и т. п.

К японскому имени Карин точно не стоит добавлять -а, дабы оно не совпало с именем Карина, имеющим иное происхождение.

Как бы мы ни относились к вариантности в орфографии, она существует по объективным причинам. Безусловно, количество вариативно пишущихся слов (в соответствии с правилами и словарными рекомендациями или из-за отсутствия кодификации) сейчас невелико. Кодификаторская работа языковедов на протяжении более века была направлена на унификацию, устранение вариантов.

Нас мало, но мы в тельняшках - выражение впервые появилось в Великую Отечественную войну в речи матросов, участвующих вместе с пехотой в боевых действиях на суше и славившихся бесстрашием и героизмом. Выражение означает: нас мало, но мы серьезные противники для врага и победить нас непросто.

Нет, это не новое правило. Несмотря на то что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться, в этом случае запятая обычно ставится и перед союзом, и между его частями. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».

Орфографически верны такие варианты поздравления:

• с праздником Светлой Пасхи! (но: со светлым праздником Пасхи!);
• со Светлым Христовым Воскресением! (но: со Светлым воскресеньем!) – в первом случае имеется в виду название празднуемого события; во втором случае – день недели (воскресенье), ср.: Чистый четверг, Великая суббота. 
• с Пасхой (Пасхой Господней, Пасхой Христовой), со Святой Пасхой!