В подобных случаях второе тире после пояснительного оборота поглощается запятой, сравним пример: То ли он решил, что ошибся — честного человека не распознал, то ли по другой причине, но он охотно выполнил просьбу. Следовательно, верно: Мы применили новый метод определения характера орбитального движения — хаотического или регулярного, основанный на...

Нет, это неправильно. Начинается текст обращением не к одному человеку, а к нескольким лицам: Уважаемые коллеги, ученики, родители! При обращении к нескольким лицам вы пишется строчными. Написание Вы, Ваш с прописной уместно в закрытых разделах веб-сайтов, которые подразумевают индивидуальное использование их каждым конкретным посетителем (регистрационная форма, личный кабинет пользователя и др.).

Словари фиксируют только одно значение слова инфант: 'в Испании и Португалии при монархическом правлении: титул принца; лицо, носящее этот титул'; значения 'инфантильный человек' у слова инфант не отмечается. Поэтому с написанием без кавычек трудно согласиться: кавычки здесь как раз к месту (т. к. слово употребляется не в своем обычном значении).

Скорее всего, просто шутливая рифма. В. И. Даль поясняет: Досталася (достается и) гадине виноградина - говорится о замужестве.

Следует, правда, пояснить, что у Даля "гадина ж. или гад м. ползучее животное, пресмыкающееся, противное человеку; это земноводное либо насекомое, собств. земноводное; их четыре отдела: змея, лягушка, черепаха, ящерица. || Бран. мерзавец, сквернавец".

Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.

Вы правы, вариант усадьба, фасады которой предпочтительнее. Хотя местоимение чьи довольно часто употребляется с неодушевленными существительными, но обычно с такими, которые подразумевают присутствие человека: сообщество, чье прошлое; страны, чья территория; команда, чья победа. Ср. также олицетворение у И. Бродского: ...и подъезды, чье небо воспалено ангиной лампочки, произносят «а».

Фома неверующий – о человеке, которого трудно заставить поверить чему-либо. Оборот пришел из Евангелия. Один из апостолов, Фома, когда ему рассказали о воскресении распятого Христа, заявил: «...если не увижу на руках Его ран от гвоздей, и не вложу перста моего в раны Его, и не вложу руки моей в ребра Его, не поверю».

Ещё как смущает! Сразу вспоминаем выражение испанский стыд — о чувстве смущения, неловкости, которое возникает, когда наблюдаешь неприличное или нелепое поведение другого человека. 

См. словарные определения: 

Большой толковый словарь русского языка

ПРОПИСНОЙ, -ая, -ое. 1. Отличающийся большей высотой (иногда и начертанием) от строчной буквы. П-ая буква Т. Начинать предложение с п. буквы. 

Оба варианта возможны, а выбор одного из них зависит от контекста и традиций оформления, принятых, в частности, в организации. Вариант Награждается Иван Иванов предпочтителен, поскольку адресован конкретному лицу. Официальный вариант Иванов Иван используется в документах и прочих деловых бумагах, поскольку в них именно фамилия человека есть самое важное звено в его имени.